נגישות
review 43

גיליון 43 – המיקרוביום – ספטמבר 2014

ממצבי חולי לבריאות באמצעות שיקום אוכלוסיית חיידקי מערכת העיכול, ד"ר ניצן מהרשק, פרופ' זמיר הלפרן

ד"ר ניצן מהרשק, פרופ' זמיר הלפרן המכון למחלות מערכת העיכול והכבד, המרכז הרפואי תל אביב, הפקולטה לרפואה ע"ש סאקלר, אוניברסיטת תל אביב

השימוש בתוכן ממערכת העיכול לצורך ריפוי מחלות אינו חדש. ווטרינרים משתמשים בשיטה זו במשך מאות שנים בפרות, בכבשים ובסוסים. בבני אדם יש תיעוד כי הרפואה הסינית השתמשה בצואה לצורך טיפול במחלות שונות של מערכת העיכול כבר לפני 1700 שנים. ברור, כי הטיפול בעזרת השתלת צואה הינו רק שלב מעבר בטרם יתפתחו טיפולים מבוססי חיידקים ספציפיים. הקושי המרכזי בטיפולים הללו הינו בהיעדר טכנולוגיה לתרבת את מרבית חיידקי המעי. יחד עם זאת, כבר כיום ישנם דיווחים על התקדמות טכנולוגית בתחום, אשר תהפוך את הפרוצדורה של טיפול בעזרת חיידקים, או בקטריותרפיה, להרבה יותר קל וממוקד.

שכיחותן של מחלות רבות כגוןהשמנה, סוכרת, סינדרום מטבולי ומחלות מעי דלקתיות עלתה בעשורים האחרונים בקרב אוכלוסיית העולם המערבי1. תופעה זו הוסברה בעיקר עקב שינויים סביבתיים, אשר התרחשו במדינות המפותחות, וביניהם תזונה דלת סיבים ועתירת סוכרים, עלייה בזיהום אוויר, חשיפה לחיסונים ולאנטיביוטיקה, ירידה בצפיפות האוכלוסין וחשיפה מופחתת לזיהומים בילדות. בעוד ההשפעה של גורמים אלה ואחרים על מערכת החיסון של בני האנוש נבדקה לאורך השנים באינספור מחקרים, יתכן כי הגורם האמיתי אשר הושפע מן השינויים הללו הוזנח. לאחרונה, מחלחלת ההבנה כי אחד הגורמים המשמעותיים המשפיעים על מצבנו הבריאותי הינו החיידקים אשר נמצאים על פני גופנו ככלל והחיידקים והמיקרואורגניזמים אשר נמצאים בחלל המעי בפרט. בהקשר זה התפתחה תיאורית ה- 'Old Friends' אשר גורסת כי חיידקי המעי התפתחו עם בני המין האנושי לאורך האבולוציה במשך עשרות אלפי שנים, וכי להם תפקיד חשוב בשמירה על בריאות האדם, ואילו העלייה בשכיחות מחלות אוטואימוניות, אלרגיות ומחלות מעי דלקתיות קשורה באורח החיים המערבי והמתועש, הגורם לחשיפה מופחתת לחיידקים מן הסביבה ומבני אדם אחרים ולירידה במגוון ובשונות החיידקים במעי, ולאבדן חיידקים המיטיבים עם בריאותינו, בין היתר דרך פעילותם הרגולטורית על מערכת החיסון2. אכן, ממחקרים בעשור האחרון עולה, כי להרכב אוכלוסיית החיידקים במעי השפעה משמעותית על מצבי בריאות וחולי בבני האדם. קיימות עדויות כי שינויים באוכלוסיית החיידקים הנורמלית (dysbiosis) וירידה במגוון ובשונות (diversity) החיידקיים במעי קשורים במחלות רבות כגון מחלות מעי דלקתיות, השמנה, סוכרת ואתרוסקלרוזיס3, ואילו התערבויות אשר משיבות את הרכב החיידקים התקין (כגון השתלת צואה4), עשויות להביא לריפוי או להטבה ניכרת במצבים הללו.

טיפול במצבים כגון אתרוסקלרוזיס או השמנה על ידי מניפולציה של אוכלוסיית חיידקי המעי עלול להיראות כמדע בדיוני, אך כך נראו פני הדברים לגבי הטיפול בכיב פפטי עד לפני כ- 30 שנים. 

  הרכב ופעילות אוכלוסיות החיידקים באדם הבריא

החיידקים, ככל האורגניזמים על פני כדור הארץ, מחולקים לקבוצות טקסונומיות, על פי העץ הפילוגנטי. חיידקי המעי משתייכים לחמש מערכות (Phyla) מרכזיות: Firmicutes  ו- Bacteroidetes אליהן שייכים מרבית חיידקי המעי, ואל ה- ,Actinobacteria  Verrucomicrobia וה- Proteobaceria, כאשר אחוז החיידקים השייכים למערכת ה- Proteobaceria נמוך מאוד בבריאים ועולה בעיקר במצבי חולי5. ישנן קבוצות חיידקים, אשר הימצאותן קשורה בבריאות האדם, למשל Bacteroides, Bifidobacterium Clostridium clusters XIVa and IVa, Faecalibacterium, Lactobacillus. אחת המשוכות המקשות על אפיון אוכלוסיות החיידקים באדם הבריא קשורה בהשפעת אינספור גורמים כמו גנטיקה, צורת הלידה, אזור המגורים, הרכב הדיאטה ועוד רבים אחרים על הרכב אוכלוסיית חיידקי המעי. עם זאת נמצא, כי ניתן לסווג את המיקרוביוטה של כל אדם לאחת משלוש קטגוריות, המוגדרות על פי שכיחות גבוהה של אחד משלושה סוגי חיידקים (Prevotella, Bacteroides, Ruminococcus) בהשוואה לשניים האחרים. לכל אחת מן הקבוצות הללו, המכונות אנטרוטיפ (enterotype), הרכב חיידקים ופעילויות גנטיות ומטבוליות אופייניות6 והשיוך לקבוצות מושפע מאוד מהרכב המזון. אנטרוטיפ ה- Prevotellaנפוץ בבני אדם האוכלים תזונה עשירה בסיבים, וכך הוא נפוץ הרבה יותר בילדים בריאים מאפריקה הניזונים מתזונה עשירה בסיבים, בהשוואה לילדים מאיטליה הניזונים מתזונה מערבית7. לעומת זאת, אנטרוטיפ ה- Bacteroidesמאפיין אוכלוסיות בני אדם הצורכים חלבון ושומן מן החי8. כך הדיאטה שאנו צורכים יכולה להשפיע לאורך זמן על הרכב אוכלוסיות המעי שלנו ועל מצבנו הבריאותי, דרך מטבוליטים המיוצרים על ידי החיידקים כמו למשל, דרך חומצות שומן קצרות כגוןבוטיראט (butyrate), אשר מהווה את מקור המזון המרכזי של תאי האפיתל של המעי ומשפיעה לטובה גם על מערכת החיסון שלנו. ואכן, רבים מן החיידקים, הקשורים במצב בריאות תקין, מייצרים בוטיראט.  

  חיידקי המעי במצבי חולי

בעשור האחרון  אופיין מגוון גדל והולך של מחלות, אשר נמצאו כקשורות בשינוי אוכלוסיית החיידקים הנורמלית במעי וביניהן – מחלות מעי דלקתיות, תסמונת המעי הרגיש, השמנה, סוכרת, אתרוסקלרוזיס, מחלות ראומטיות ואוטיזם. השינוי המרכזי המאפיין את מרבית מצבי החולי הללו הינו ירידה בשונות ובמגוון חיידקי המעי. יחד עם זאת, כל אחד ממצבי החולי הללו מאופיין גם בשינויים בהרכב ובתפקוד החיידקים, המוגדרים כיום באופן חלקי בלבד. האתגר המרכזי הינו לקבוע סיבתיות בין השינוי בהרכב אוכלוסיות חיידקי המעי לבין מחלה. מכיוון שבדרך כלל אנו פוגשים את החולים לאחר הופעת המחלה, כמעט בלתי אפשרי לדעת האם השינוי בהרכב החיידקים הינו מחולל המחלה או שהוא התוצאה שלה. בעניין זה חלה התקדמות משמעותית בעזרת מודלים של המחלות בחיות מעבדה, אשר הדגימו כי על ידי העברת מיקרוביוטה מחיה חולה לחיה בריאה ניתן להשרות מחלות שונות. בבני אדם, תקצוב ותכנון מחקרי עוקבה פרוספקטיביים גדולי מימדים העוקבים אחר המיקרוביוטה באוכלוסיות בריאות, טרם התפתחות המחלות, יסייעו לנו להבין האם השינוי במיקרוביוטה מתרחש טרם הופעת המחלה. במסגרת המגבלות הללו אנו יודעים, כי במחלות מעי דלקתיות ישנה ירידה באחוז החיידקים השייכים לקבוצות ה- Firmicutes וה- Bacteroidetes ואילו עליה באחוז החיידקים השייכים לקבוצת ה- Actinobacteria וה- Proteobacteria 910, כאשר אחד החיידקים הנפוצים במחלת קרון הינו ה-Escherichia coli LF82. במקביל, במחלות מעי דלקתיות ישנה ירידה משמעותית בחיידק ה- Faecalibacterium prausnitzii אשר הינו יצרן חומצת שומן בוטיראט ונמצא כבעל תכונות נוגדות דלקת. מספר מחקרים רומזים על קשר בין שינוי פלורת המעי לסרטן המעי הגס. במודל חיה נמצא, כי שינויים תלויי דלקת בביטוי מקבץ גנים בחיידק ה- Escherichia coliעודדו התפתחות סרטן המעי11. בבני אדם, ישנן מספר עבודות אשר הדגימו קשר בין הרכב פלורת המעי להמצאות פוליפים טרום סרטניים (אדנומות) במעי הגס1213 וכבר כיום ישנם דיווחים על כך שפרופיל חיידקי המעי יעיל יותר מאשר בדיקת דם סמוי בצואה והערכת גורמי סיכון קליניים בזיהוי חולים עם פוליפים מתקדמים וסרטן המעי הגס14. אוכלוסיית חיידקי המעי של חולים הסובלים מהשמנה וסוכרת מועשרת בגנים לפירוק פחמימות ושומנים15. ישנן מספר סברות לגבי תפקיד החיידקים בפתוגנזה של השמנה וסוכרת, אם דרך ספיגת קלוריות מוגברת למשל, עקב השפעת החיידקים על הרכב חומצות המרה1617 וכך כאשר ישנם פחות חיידקים הגורמים לדה-קונגיוגציה של מלחי מרה, יותר שומנים יכולים להיספג. במקביל, עלייה בכמות החיידקים בעלי יכולת ייצור חומצות שומן קצרות (אצטואצטאט, פרופריונאט ובוטיראט) מסיבים שאינם נספגים במערכת העיכול העליונה, מגבירה את הספיגה הקלורית ומביאה לעליה במשקל. מאפיין נוסף של החולים הללו הינו רמות גבוהות של LPS בדם, המביאות לעלייה ברמת הדלקת הסיסטמית, וכך לתנגודת מוגברת לאינסולין18. אחוז החיידקים המונעים חדירות מוגברת של המעי, כגון יצרני בוטיראט (למשל חיידקה- Bifidobacteria) או חיידקים השומרים על רירית המעי (כגון – חיידקים מקבוצת ה-Akkermansia) נמצא מופחת בחולים הללו19. דוגמא מאלפת להשפעת חיידקי המעי על מצב הבריאות של האדם הינה, השפעת מבנה ותפקוד אוכלוסיית החיידקים על הסיכון ללקות במחלת לב איסכמית.  מלבד הקשר בין המיקרוביוטה לגורמי סיכון קרדיו-וסקולרייים כגון השמנה וסוכרת, אשר תואר לעיל, מסתבר כי למיקרוביוטה גם השפעה ישירה על אתרוסקלרוזיס וכי יש הבדל בהרכב המיקרוביוטה במעי בין אנשים בריאים לאנשים הסובלים מאתרוסקלרוזיס20. ממצאים אלה נתמכו על ידי מחקרים אשר מצאו, כי חיידקי המעי מייצרים תרכובת אתרוגנית הנקראת trimethylamine-N-oxide במעי  מכולין  ומקרניתין (choline and carnitine)21-23.

בחולים הסובלים ממחלות מעי דלקתיות (IBD) נמצא, כי השתלת צואה הביאה לשיפור משמעותי באחוז גבוה מן החולים. עם זאת, במחלות הללו היה, בדרך כלל, צורך בהשתלות צואה חוזרות ונשנות כדי להגיע לאפקט תרפויטי. 

השתלת צואה ובקטריותרפיה כטיפול במחלות

טיפול במצבים כגון אתרוסקלרוזיס או השמנה על ידי מניפולציה של אוכלוסיית חיידקי המעי עלול להיראות כמדע בדיוני, אך כך נראו פני הדברים לגבי הטיפול בכיב פפטי עד לפני כ- 30 שנים. כיום, יודע כמעט כל מטופל הסובל מכאב ברום הבטן לבקש בדיקת נשיפה לחיידק ההליקובקטר פילורי.  חיידק זה השוכן בשלום, בדרך כלל, במערכת העיכול האנושית בכ- 30% מן האוכלוסייה המערבית, ויתכן שאף מועיל למאכסן, נמצא גם כאטיולוגיה המרכזית לכיב פפטי, וטיפול אנטיביוטי כנגדו, מביא במרבית המקרים להחלמה ממצב זה. דוגמא נוספת הינה זיהום על ידי חיידק הקלוסטרידיום דיפיצילה (Clostridium difficile). גם חיידק זה יכול לשכון עימנו בשלום במערכת העיכול, אך שינויים הקשורים במערכת החיסון של המאכסן ו/או חשיפה לאנטיביוטיקה עלולים לגרום להופעה של דלקת במעי, המתווכת על ידי רעלנים המופרשים מן החיידק. הגישה הטיפולית בזיהומים אלה כוללת טיפולים אנטיביוטיים המיועדים לחסל את החיידק, כגון מטרונידזול או ונקומיצין. עם זאת, עד 30% מהחולים הסובלים מזיהום בחיידק זה, יפתחו זיהומים חוזרים העמידים לטיפולים אנטיביוטיים, אשר עלולים להביא לאשפוזים ממושכים ואף למוות. הסברה, כי שיקום אוכלוסיית חיידקי המעי עשויה להביא לריפוי מן המחלה, הועלתה כבר לפני למעלה מ- 50 שנים ופורסמה על ידי אייסמן וחבריו24, אשר נטלו צואה מאדם בריא ובעזרת חוקן העבירו אותה למעיים של חולים בקלוסטרידיום. החולים הללו החלימו מן המחלה, אך הנושא נזנח כי באותה תקופה התגלה כי טיפולים אנטיביוטיים הראו יעילות גבוהה נגד הזיהום, וגם לא עוררו את הסלידה הטבעית המתלווה לעיסוק בצואה. בשנים האחרונות, עקב הופעה של זיהומים עמידים לאנטיביוטיקה על ידי חיידק הקלוסטרידיום25, נבדק שוב הקשר בין שינוי אוכלוסיית החיידקים במעי להופעת המחלה ולריפוייה.  אכן נמצא כי בחולים אלה ישנה ירידה באחוז החיידקים השייכים לקבוצות ה- Firmicutes ול- Bacteroidetes, וכי בעזרת השתלת צואה  (fecal microbial transplantation) מאדם בריא לאדם חולה הושגה יעילות בכ-90% מהמקרים בריפוי החולים מזיהום שהינו עמיד לטיפולים אנטיביוטיים חוזרים26-28. השתלת הצואה משקמת את פרופיל החיידקים בדומה לנורמה ובדומה לאוכלוסיות החיידקים של התורם2930. השימוש בתוכן ממערכת העיכול לצורך ריפוי מחלות אינו חדש, ווטרינרים משתמשים בשיטה זו במשך מאות שנים בפרות ובכבשים, הסובלות מתופעות שונות ובסוסים הסובלים משלשול4. בבני אדם יש תיעוד כי הרפואה הסינית השתמשה בצואה לצורך טיפול במחלות שונות של מערכת העיכול כבר לפני 1700 שנים31. כיום, בתהליך השתלת הצואה, נוטלים צואה מאדם בריא (תורם צואה – העובר בדיקות לשלילת זיהומים שונים ומחלות), מוהלים את הצואה במים ומסננים, כך שנותר נוזל צואה מהול המכיל את חיידקי הצואה מן התורם. נוזל זה מוזרק לחלל מערכת העיכול של המטופל החולה, בעת קולונוסקופיה למעי הגס או בעת גסטרוסקופיה (או על ידי החדרת זונדה) לתריסריון. חיידקי הצואה מן התורם משקמים את אוכלוסיית חיידקי המעי החולה ולמעשה תופסים את הנישה של חיידק הקלוסטרידיום, ומביאים לריפוי מן המחלה. הפרוצדורה הינה פשוטה, מהירה וברוב המכריע של המקרים אינה כרוכה בסיבוכים. הפרוצדורה אושרה לאחרונה על ידי ה- FDA בארצות הברית והן על ידי משרד הבריאות בישראל כטיפול בזיהום בקלוסטרידיום דיפיצלה בחולים אשר לא הגיבו לטיפול אנטיביוטי. עם זאת, הפרוצדורה אינה חלק מסל הבריאות. העלות המרכזית בהשתלת צואה כרוכה בביצוע בדיקות  דם וצואה לסקירת התורמים הפוטנציאלים, כאשר קרוב ל- 90% מהם נפסלים לבסוף עקב הקריטריונים המחמירים32. האנדוסקופיה והקטטרים המשמשים להזלפת הצואה מהווים עלות משמעותית נוספת. יחד עם זאת, מלבד ההישג הברור של ריפוי המחלה, הטיפול ככל הנראה, חוסך למערכת הבריאות אלפי שקלים, הכרוכים באשפוזים ארוכים וטיפולים אנטיביוטיים יקרים. הטיפול בעזרת השתלת צואה נבדק כיום במסגרת מחקרים קליניים במגוון מחלות. למשל, בחולים הסובלים ממחלות מעי דלקתיות (IBD) נמצא, כי השתלת צואה הביאה לשיפור משמעותי באחוז גבוה מן החולים33. עם זאת, במחלות הללו היה, בדרך כלל, צורך בהשתלות צואה חוזרות ונשנות כדי להגיע לאפקט תרפויטי. בחולים הסובלים מתסמונת המעי הרגיש (IBS), נמצא כי השתלת צואה יכולה לשפר מצבים של עצירות34. ואילו בחולים סוכרתיים הסובלים מהשמנת יתר נמצא, כי השתלת צואה הביאה לשיפור ברגישות לאינסולין, קרוב לוודאי עקב האפקטים המטבוליים והאנטי דלקתיים המתווכים על ידי החיידקים אשר הועברו מן התורם הבריא. השתלת הצואה לוותה בשינוי הרכב אוכלוסיית החיידקים במעי המושתלים ובעלייה בכמות חומצת השומן הקצרה בוטיראט35.

בעתיד הלא רחוק אחד הכלים, אשר יסייעו לנו בהערכת הסיכון להתפתחות מחלות, יהיה פרופיל חיידקי המעי, ויתכן שבעזרת מניפולציות פשוטות יחסית כגון השתלת צואה, או בעזרת פרוביוטיקה ופרהביוטיקה, שיותאמו באופן אישי לאדם החולה, נוכל לטפל במחלות רבות ומגוונות.

העתיד כבר כאן

ברור, כי הטיפול בעזרת השתלת צואה, הינו רק שלב מעבר בטרם יתפתחו טיפולים מבוססי חיידקים ספציפיים. הקושי המרכזי בטיפולים הללו הינו בהיעדר טכנולוגיה לתרבת את מרבית חיידקי המעי. יחד עם זאת, כבר כיום ישנם דיווחים על התקדמות טכנולוגית בתחום, אשר תהפוך את הפרוצדורה של טיפול בעזרת חיידקים, או בקטריותרפיה, להרבה יותר קל וממוקד. כבר כיום ישנה התקדמות משמעותית באופן הטיפול בעזרת חיידקים בחולי קלוסטרידיום. חברה בארצות הברית פיתחה דרך לארוז את נוזל הצואה בתוך קפסולות בעלות 3 שכבות, אשר מונעות שחרור של החיידקים במערכת העיכול העליונה. חולים בקלוסטרידיום נטלו כ- 30 קפסולות והחלימו מן המחלה. במקביל, חברות אחרות בודקות משלבי חיידקים ספציפיים אשר בודדו מצואת תורמים בריאים. למשל, חוקרים בדנמרק הראו בשנת 1989 כי חוקן המורכב ממשלב של 10 חיידקים, אשר בודדו מצואת בריאים, הביא להחלמה של חולים36. בשנת 2013 דווח כי מתן משלב של 33 חיידקים, אשר בודדו מצואה של תורם בריא לחולי קלוסטרידיום, גם כן הביא לריפויים37. בכנס בנושא השתלות צואה בארצות הברית דווח לאחרונה, כי מתן קפסולות המכילות ספורות spores))של מגוון חיידקים, אשר כבר הוכיחו עצמן כיעילות לטיפול בזיהום בקלוסטרידיום במודל חיה, הראו 100% הצלחה בארדיקציה של החיידק בניסוי בבני אדם38. חקר תחום המיקרוביוטה במעי מניב כבר כעת תוצאות שימושיות בטיפול ובאבחון  מחלות בבני אדם. בעתיד הלא רחוק אחד הכלים, אשר יסייעו לנו בהערכת הסיכון להתפתחות מחלות, יהיה פרופיל חיידקי המעי, ויתכן שבעזרת מניפולציות פשוטות יחסית כגון השתלת צואה, או בעזרת פרוביוטיקה ופרהביוטיקה, שיותאמו באופן אישי לאדם החולה, נוכל לטפל במחלות רבות ומגוונות.

References:

 

1.         Kelsen JR, Wu GD. The gut microbiota, environment and diseases of modern society. Gut Microbes 2012;3:374-82.

 

2.         Rook GA, Lowry CA, Raison CL. Microbial 'Old Friends', immunoregulation and stress resilience. Evol Med Public Health 2013;2013:46-64.

 

3.         Karlsson F, Tremaroli V, Nielsen J, et al. Assessing the human gut microbiota in metabolic diseases. Diabetes 2013;62:3341-9.

 

4.         Petrof EO, Khoruts A. From stool transplants to next-generation microbiota therapeutics. Gastroenterology 2014;146:1573-82.

 

5.         Pflughoeft KJ, Versalovic J. Human microbiome in health and disease. Annu Rev Pathol 2012;7:99-122.

 

6.         Arumugam M, Raes J, Pelletier E, et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature 2011;473:174-80.

 

7.         De Filippo C, Cavalieri D, Di Paola M, et al. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc Natl Acad Sci U S A 2010;107:14691-6.

 

8.         Wu GD, Chen J, Hoffmann C, et al. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes. Science 2011;334:105-8.

 

9.         Qin J, Li R, Raes J, et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature 2010;464:59-65.

 

10.       Frank DN, Robertson CE, Hamm CM, et al. Disease phenotype and genotype are associated with shifts in intestinal-associated microbiota in inflammatory bowel diseases. Inflamm Bowel Dis 2011;17:179-84.

 

11.       Arthur JC, Perez-Chanona E, Muhlbauer M, et al. Intestinal inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota. Science 2012;338:120-3.

 

12.       Sanapareddy N, Legge RM, Jovov B, et al. Increased rectal microbial richness is associated with the presence of colorectal adenomas in humans. ISME J 2012;6:1858-68.

 

13.       Nugent JL, McCoy AN, Addamo CJ, et al. Altered tissue metabolites correlate with microbial dysbiosis in colorectal adenomas. J Proteome Res 2014;13:1921-9.

 

14.       Joseph P. Zackular MAMR, Mack T. Ruffin IV, and Patrick D. Schloss. The Human Gut Microbiome as a Screening Tool for Colorectal Cancer.  2014.

 

15.       Angelakis E, Armougom F, Million M, et al. The relationship between gut microbiota and weight gain in humans. Future Microbiol 2012;7:91-109.

 

16.       Degirolamo C, Rainaldi S, Bovenga F, et al. Microbiota modification with probiotics induces hepatic bile acid synthesis via downregulation of the Fxr-Fgf15 axis in mice. Cell Rep 2014;7:12-8.

 

17.       Sayin SI, Wahlstrom A, Felin J, et al. Gut microbiota regulates bile acid metabolism by reducing the levels of tauro-beta-muricholic acid, a naturally occurring FXR antagonist. Cell Metab 2013;17:225-35.

 

18.       Sjoholm A, Nystrom T. Inflammation and the etiology of type 2 diabetes. Diabetes Metab Res Rev 2006;22:4-10.

 

19.       Shin NR, Lee JC, Lee HY, et al. An increase in the Akkermansia spp. population induced by metformin treatment improves glucose homeostasis in diet-induced obese mice. Gut 2014;63:727-35.

 

20.       Karlsson FH, Fak F, Nookaew I, et al. Symptomatic atherosclerosis is associated with an altered gut metagenome. Nat Commun 2012;3:1245.

 

21.       Koeth RA, Wang Z, Levison BS, et al. Intestinal microbiota metabolism of L-carnitine, a nutrient in red meat, promotes atherosclerosis. Nat Med 2013;19:576-85.

 

22.       Tang WH, Wang Z, Levison BS, et al. Intestinal microbial metabolism of phosphatidylcholine and cardiovascular risk. N Engl J Med 2013;368:1575-84.

 

23.       Wang Z, Klipfell E, Bennett BJ, et al. Gut flora metabolism of phosphatidylcholine promotes cardiovascular disease. Nature 2011;472:57-63.

 

24.       Eiseman B, Silen W, Bascom GS, et al. Fecal enema as an adjunct in the treatment of pseudomembranous enterocolitis. Surgery 1958;44:854-9.

 

25.       He M, Miyajima F, Roberts P, et al. Emergence and global spread of epidemic healthcare-associated Clostridium difficile. Nat Genet 2013;45:109-13.

 

26.       Gough E, Shaikh H, Manges AR. Systematic review of intestinal microbiota transplantation (fecal bacteriotherapy) for recurrent Clostridium difficile infection. Clin Infect Dis 2011;53:994-1002.

 

27.       Kassam Z, Lee CH, Yuan Y, et al. Fecal microbiota transplantation for Clostridium difficile infection: systematic review and meta-analysis. Am J Gastroenterol 2013;108:500-8.

 

28.       van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, et al. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. N Engl J Med 2013;368:407-15.

 

29.       Weingarden AR, Hamilton MJ, Sadowsky MJ, et al. Resolution of severe Clostridium difficile infection following sequential fecal microbiota transplantation. J Clin Gastroenterol 2013;47:735-7.

 

30.       Hamilton MJ, Weingarden AR, Unno T, et al. High-throughput DNA sequence analysis reveals stable engraftment of gut microbiota following transplantation of previously frozen fecal bacteria. Gut Microbes 2013;4:125-35.

 

31.       Zhang F, Luo W, Shi Y, et al. Should we standardize the 1,700-year-old fecal microbiota transplantation? Am J Gastroenterol 2012;107:1755; author reply p 1755-6.

 

32.       Bakken JS, Borody T, Brandt LJ, et al. Treating Clostridium difficile infection with fecal microbiota transplantation. Clin Gastroenterol Hepatol 2011;9:1044-9.

 

33.       Anderson JL, Edney RJ, Whelan K. Systematic review: faecal microbiota transplantation in the management of inflammatory bowel disease. Aliment Pharmacol Ther 2012;36:503-16.

 

34.       Smits LP, Bouter KE, de Vos WM, et al. Therapeutic potential of fecal microbiota transplantation. Gastroenterology 2013;145:946-53.

 

35.       Vrieze A, Van Nood E, Holleman F, et al. Transfer of intestinal microbiota from lean donors increases insulin sensitivity in individuals with metabolic syndrome. Gastroenterology 2012;143:913-6 e7.

 

36.       Tvede M, Rask-Madsen J. Bacteriotherapy for chronic relapsing Clostridium difficile diarrhoea in six patients. Lancet 1989;1:1156-60.

 

37.       Petrof EO, Gloor GB, Vanner SJ, et al. Stool substitute transplant therapy for the eradication of Clostridium difficile infection: 'RePOOPulating' the gut. Microbiome 2013;1:3.

 

38.       Khanna S, D.S. P, Kelly C, et al. Clinical Evaluation of SER-109, a Rationally Designed, Oral Microbiome-Based Therapeutic for the Treatment of Recurrent Clostridium difficile. James W. Freston Conference — Therapeutic Innovations in Microbiome Research and Technology: A Further Look into Fecal Microbiota Transplantation. Abstract 2014.